Oprócz fortów, które z czasem budowano coraz dalej od granic miasta, inwestycje wojskowe widać było także w samym Krakowie i wciąż osobnym mieście Podgórzu. W obu miastach powstał cały kompleks militarny, aby pomieścić od 6 do 12 tysięcy żołnierzy garnizonu w czasach pokoju i aby móc szybko powiększyć ten stan liczebny do ponad 90 tysięcy w chwili mobilizacji i wybuchu wojny.
W różnych częściach Krakowa i Podgórza powstały więc liczne obiekty dowodzenia, koszary, magazyny, warsztaty produkcyjne i naprawcze, zbrojownie, magazyny amunicji, prochownie, szpital, liczne zakłady działające na rzecz garnizonu: wojskowy młyn, piekarnia, fabryka konserw mięsnych, wytwórnia marmolady i chłodnia, a także sąd garnizonowy z więzieniem. Władze bardzo przychylnie patrzyły też na budowę prywatnych zakładów przemysłowych, które w razie konieczności można było wykorzystać do produkcji lub usług na rzecz wojska. Mile widziane były na przykład fabryki maszyn, które w razie wojennej potrzeby można było szybko zamienić na warsztaty naprawcze pojazdów lub artylerii, albo fabryki nawozów sztucznych dla rolnictwa, które po zmianie surowca mogły produkować proch.
Forty i umocnienia, które zgodnie z założeniem miały wspomagać się nawzajem w razie konieczności, połączono systemem dróg, obsadzonych alejami drzew dla maskowania ruchów. Pod ich liściastą osłoną zamierzano dostarczać zaopatrzenie i przemieszczać oddziały. W dwóch przypadkach, aby zapobiec możliwym zatorom na skrzyżowaniach, wybudowano nawet wiadukty, tworząc bezkolizyjne dwupoziomowe skrzyżowania. Były to istniejące do dzisiaj: Diabelski Most nad obecną ul. Jacka Malczewskiego w ciągu al. Jerzego Waszyngtona, biegnącej do fortu „Kościuszko”, oraz Czerwony Most na dalekich peryferiach Krakowa w Toniach, który miał ułatwić ewentualne przegrupowania drogą rokadową i drogą do fortu na północy miasta w Pękowicach.
Do zapewnienia dostaw i transportu żołnierzy potrzebne były konie żywe i mechaniczne. Stąd niezbędne stawały się też: stajnie, ujeżdżalnie, parki maszynowe, garaże, bocznice kolejowe, a także rozbudowywane od 1912 roku lotnisko forteczne w Rakowicach. Komunikację między coraz większą liczbą obiektów zapewniały sieci telekomunikacyjne – telefoniczna i telegraficzna – które również rozbudowywano. Znaczenie wojskowe i strategiczne miały również dworce kolejowe, mosty na Wiśle oraz sama Wisła, na której mogły operować jednostki flotylli rzecznej – małe, uzbrojone i opancerzone jednostki pływające, mogące prowadzić ostrzał wroga oraz przewozić desant własnych wojsk.
Wojskowym celom służyły także: kasyno oficerskie przy ul. Mikołaja Zyblikiewicza, basen w parku Krakowskim oraz Błonia, na których można było prowadzić ćwiczenia wojskowe – władzom wojskowym zależało zatem na zachowaniu ich w stanie niezabudowanym. I to właśnie Twierdzy Kraków w dużej mierze zawdzięczamy zachowanie Wielkiej Łąki do czasów, gdy uznano, że taki teren w mieście można zachować na cele rekreacyjne.