Twierdza Kraków pozostawiła po sobie nie tylko zabytki w formie budowli, ale także bardzo dużo zieleni. Jako pierwszy potencjał zieleni fortecznej dostrzegł prof. Janusz Bogdanowski z Politechniki Krakowskiej, który zauważył, że piękno architektury budynków militarnych harmonijnie komponuje się z otaczającą je zielenią. Wprowadził też ideę do dyskusji publicznej o dalszym możliwym losie fortów, według której w przyszłości mogły stworzyć coś, co nazwał „Wielkimi Plantami” – wyspami zieleni otaczającymi Planty i Kraków, łączącymi się ze sobą i jednocześnie z miastem systemem dawnych dróg fortecznych.
Do dzisiaj ocalało ponad 220 ha starodrzewu wokół fortów, 10 ha na tzw. maskach międzypolowych oraz ok. 50 ha przy drogach fortecznych. Dodatkowo na 800 ha wokół fortów rośnie zieleń, gdyż w okresie funkcjonowania twierdzy obowiązywały tam zakazy budowlane. Zieloną pamiątką do dawnych czasach pozostały również obsadzone zadrzewienia koszar, zespołów magazynowych, szpitalnych, a także ogrody ozdobne, które aranżowano dla wojskowych.
Dzięki temu, że forty w 1918 roku przeszły w ręce najpierw Wojska Polskiego, a po 1945 roku powoli zaczęły przechodzić w ręce cywilnych instytucji publicznych udało się w dużej mierze zachować te tereny jako niezabudowane przez osoby prywatne, czy później przez deweloperów.
Zieleń była bardzo istotną sprawą dla celów militarnych. Jej celem był kamuflaż i zakrycie przed potencjalnym wrogiem, który stanąłby w pobliżu miasta umocnień, baterii artyleryjskich oraz dróg, którymi można byłoby przewozić materiały wojenne i ewakuować rannych. Zieleni potrzeba było dużo, bo postawiono przed nią zadanie zakrycia lub rozmycia na tle krajobrazu umocnień. Nie było to łatwe, bo wiadomo było, że wrodzy obserwatorzy w przypadku walk o Twierdzę Kraków będą mieli do dyspozycji lornetki oraz stanowiska obserwacyjne w koszach balonów. Dlatego w strategicznych miejscach nasadzono ponad 25 tys. sadzonek drzew. Najczęściej były to robinie akacjowe – drzewa pochodzące z Ameryki, które pomagały w maskowaniu infrastruktury wojsk cesarskich jeszcze przed rozbiorami Rzeczypospolitej. Potem z początkiem XX w. nasadzenia zaczęto uzupełniać szybko rosnącymi wierzbami i topolami, do czego przyczynił się rozwój techniczny - na użytek wojskowych pojawiły się samoloty i sterowce.
Po Twierdzy Kraków w dzisiejszym mieście pozostały liczne enklawy bujnej roślinności. Nawet w miejscach tak nieoczywistych obecnie militarnie jak np. wzdłuż al. 3 Maja. Leżące obok Błonia zostały zachowane również w celach wojskowych przez Austriaków – były potrzebne do ćwiczeń żołnierzy garnizonu. Zieleń trwa też w pobliżu ruin - np. fortu 53 „Bodzów” pozostały zespoły murawowe, które obfitują w różne gatunki kwiatów, co razem tworzy cały ekosystem dla owadów i drobnej fauny.
Zieleń za czasów Twierdzy była pielęgnowana, gdyż miała dla wojska wartość użytkową. Jednak po latach, gdy wiele obiektów pozostawało opuszczonych, drzewa wyrosły i rozrosły się tam, gdzie nie byłoby to możliwe wcześniej – w masywach fortów, fosach, czy przedstokach. Często jest to problem zarówno dla roślin, jak i dla ludzi, gdyż drzewa mając problemy w zakorzenianiu się na betonowych stropach, czy na gruncie o dużym nachyleniu przy silniejszych wiatrach przewracają się, tworząc zagrożenie dla ludzi.