W latach 60. XX w. w dawnych fortach dostrzeżono unikalny na skalę światową pomnik architektury obronnej. W obronie murów, które niegdyś broniły Krakowa wystąpili krakowscy architekci, historycy sztuki i dziennikarze. Ważne role odegrali tu prof. Karol Estreicher z Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz prof. Janusz Bogdanowski z Politechniki Krakowskiej, który pierwszy dostrzegł w dawnych budynkach wartość nie tylko użytkową, ale też piękno architektoniczne oraz harmonijną kompozycję z otaczającą je zielenią.
Wprowadził do dyskusji publicznej o dalszym możliwym losie fortów ideę, według której w przyszłości mogły stworzyć coś, co nazwał „Wielkimi Plantami” – wyspami zieleni otaczającymi Planty i Kraków, łączącymi się ze sobą i jednocześnie z miastem systemem dawnych dróg fortecznych. Mimo tej zmiany podejścia forty musiały poczekać jeszcze kilka dekad.
Od momentu reaktywowania krakowskiego samorządu w 1990 roku rozpoczęto akcję przywracania pamięci o roli Twierdzy Kraków. Urząd Miasta Krakowa wspólnie z biurem Miejskiego Konserwatora Zabytków zaczął wydawać serię „Atlas Twierdzy Kraków”, która przybliżała historię budynków fortecznych i wojskowych. PTTK wytyczył turystyczny Szlak Dawnej Twierdzy Kraków, zorganizowano również rajdy turystyczne wspomnianym szlakiem, urządzano prelekcje, w krakowskich mediach pojawiły się artykuły, a twierdzy poświęcono całe strony internetowe i profile w mediach społecznościowych. Rozpoczęto też zabezpieczanie, a potem konserwację i rewitalizację posiadanych przez Gminę Miejską Kraków budowli fortecznych – część z nich została zaadaptowana do nowej roli.
25 października 2006 roku Rada Miasta Krakowa podjęła uchwałę zawierającą „Ramowy Program Ochrony i Rewitalizacji Zespołu Historyczno-Krajobrazowego Twierdzy Kraków”, która uwzględniła większość sugestii badaczy Twierdzy Kraków i stworzyła solidne ramy do dalszych działań. W 2019 roku badacz dziejów twierdzy, dr Krzysztof Wielgus, został doceniony za swoje długoletnie działania na rzecz ratowania dziedzictwa Twierdzy Kraków i nagrodzony najwyższym odznaczeniem samorządu krakowskiego – brązowym medalem Cracoviae Merenti („Zasłużony dla Krakowa”).
Budynki Twierdzy Kraków służą do różnych celów – zarówno wojskowych, jak i cywilnych. W budynkach wzniesionych dla żołnierzy garnizonu znajdują się obecnie m.in. Politechnika Krakowska, komendy policji miejska i wojewódzka, Muzeum Lotnictwa Polskiego, Muzeum Armii Krajowej, Muzeum Fotografii, Młodzieżowy Dom Kultury Fort 49, budynki szpitalne. W 2022 r. do służby kulturze i harcerzom przekazano dwa remontowane przez ostatnie lata forty – „Borek” i „Łapianka” („Jugowice”).