Twierdza w okresie międzywojennym, II wojnie światowej i okresie powojennym

Po odzyskaniu niepodległości forty przejęło Wojsko Polskie, ale już nie rozbudowywało umocnień. Wykorzystano natomiast zgromadzone materiały wojenne do formowania oddziałów polskich walczących o granice w latach 1918-1921.

W okresie międzywojennym budynki twierdzy pełniły już najczęściej funkcje koszarowe czy magazynowe. Jedynym elementem dawnej Twierdzy Kraków, który uznano za przyszłościowy i postanowiono rozbudować, było lotnisko w Rakowicach – powiększano je w celach zarówno wojskowych, jak i cywilnych w kierunku wschodnim, do Czyżyn.

W czasie II wojny światowej twierdza raz jeszcze wzięła udział w walce, choć już mocno symbolicznie. We wrześniu 1939 roku forty na północnym-zachodzie: „Tonie”, „Bronowice” i „Podchruście” w Modlniczce, zostały obsadzone przez żołnierzy Grupy Fortecznej i osłaniały ogniem dział odwrót armii „Kraków”. Po zajęciu miasta Niemcy przejęli w swoje władanie również budynki forteczne. Kontynuowali rozbudowę krakowskiego lotniska, a forty wykorzystywali głównie do celów magazynowych, część rozbroili z elementów pancernych. Przy niektórych rozmieścili stanowiska dział przeciwlotniczych, w innych zorganizowali podobozy jenieckie, a w forcie „Krzesławice”, wykorzystując jego oddalenie od siedzib ludzkich, prowadzili zbrodnicze egzekucje polskich więźniów.

Po II wojnie światowej większość fortów trafiła w ręce wojskowych, choć były wykorzystywane do różnych celów. Na przykład, w forcie „Luneta Warszawska” do 1949 roku stalinowski aparat represji – radzieckie NKWD i polski Urząd Bezpieczeństwa – urządził więzienie, gdzie przetrzymywano żołnierzy Podziemia.

Część fortów, jako relikty dawnych czasów i budowle wzniesione przez zaborcę, postanowiono zburzyć. Okazało się jednak, że nie jest to łatwe i opłacalne – forty nie stały się rezerwuarem odzyskanych materiałów budowlanych i po kilku latach działań akcję niszczenia zakończono. Ostatecznie zniszczeniu uległy głównie te umocnienia, które przeszkadzały w nowych inwestycjach, chociażby budowie siedziby Telewizji Kraków, czy blokowały przebieg tras komunikacyjnych. Zburzono również część fortu „Kościuszko”, a także miedzy innymi forty „Krakus” i „Bodzów”.

Część fortów wojsko i inne służby mundurowe przez długi czas używały w celach magazynowych lub koszarowych. Jednak stopniowo coraz więcej fortów trafiało w ręce cywilnych instytucji lub przedsiębiorstw państwowych. Niektóre z nich zaczęły przebudowywać otrzymane zabudowania forteczne do swoich celów, często w sposób przez nikogo niekontrolowany.